1. 교육과학원은 주요 이론과 실천 문제를 중심으로 서구 경험을 통해 중국특색, 교육정책에 영향을 줄 수 있는 성과를 형성했다. 교육학원은 교육국에 직접 소속되어 있고 교육국은 교육행정사무를 관리한다. 그래서 성질이 다르다.
2. 교육과학원은 주로 실제 문제를 연구하고, 교육과학연구소는 주로 교육관리를 연구하므로 책임이 다르다.