1. 교육이념과 교학방법: 청도 듀이 실험학교는 학생 중심의 교육이념을 제창하고 학생들의 창의력, 비판적 사고, 자율 학습능력을 키우는 데 중점을 두고 있지만 39 중 학생의 창의력과 비판적 사고에 대한 양성방안은 없다.
2. 교육 과정 및 교육 자료: 청도 듀이 실험 학교는 교과 과정 설정에서 다양성과 개인화를 중시하며 학생의 종합적인 자질을 양성하기 위해 고안된 반면, 39 중의 교과 과정 설정에는 다원화 조합이 부족하고, 교과 과정 설정은 단일이다.