일반적인 제작 단계에 따르면 우유는 버스 멸균을 거쳐 프로바이오틱스로 발효해 요구르트가 된다. 생균요구르트란 요구르트의 프로바이오틱스 함량이 일정 수치 이상이라는 의미일 것이다.
밀가루를 발효시켜 만터우로 만들면 소화가 잘 되고, 우유를 발효시켜 요구르트로 만드는 것도 같은 효과가 있다. 발효 과정에서 우유의 약 20% 의 설탕과 단백질이 소분자 (예: 반유당과 젖산, 작은 펩타이드 사슬, 아미노산) 로 분해된다. 우유의 지방 함량은 일반적으로 3%-5% 입니다. 발효 후 우유의 지방산은 원료우유보다 2 배 증가할 수 있다. 이러한 변화로 요구르트는 소화가 잘 되고 흡수되기 쉬우며 각종 영양성분의 이용률이 높아진다. 요구르트는 순우유로 발효시켜 만든 것이다. 유산균은 신선한 우유의 모든 영양소를 보존하는 것 외에도 발효 과정에서 인체 영양에 필요한 각종 비타민 (예: VB 1, VB2, VB6, VB 12 등) 을 생산할 수 있다.
특히 유당 소화불량인 사람들은 요구르트를 먹어도 복부팽창, 팽창, 설사 등이 나타나지 않는다. 생우유에는 칼슘이 풍부해 발효 후 칼슘 등 미네랄은 변하지 않지만 발효 후 생기는 젖산은 칼슘과 인의 활용도를 높이는 데 효과적이므로 요구르트의 칼슘과 인은 인체에 더 쉽게 흡수된다.