첫째, 가정교육의 영향 뉴턴의 부모는 모두 독실한 기독교인이다. 어린 시절부터 가난했던 뉴턴이 하느님께 기도하는 것은 그의 부모의 마음속에서 중요하고 효과적인 방법이었다. (윌리엄 셰익스피어, 햄릿, 가족명언) 그의 부모님은 사고가 났을 때 기도하셨고, 그는 몇 가지 짜릿한 순간을 만났다. 이에 깊은 인상을 받은 뉴턴은 당연히 신을 믿고 명실상부한 그리스도인이 되었다. 가장 전형적인 것은 뉴턴이 조산했지만 살아남았다는 것인데, 이것은 뉴턴에게 큰 감동을 주었다.
뉴턴의 대학 노트에도 기도가 나오는데, 이는 뉴턴이 과학을 공부하기 전에 그의 신앙이 신학이라는 것을 보여준다.
둘째, 사회적 배경의 영향 뉴턴은 신학이 범람하는 시대에 살고 있다. 당시 과학도 신학과 연계되어 있었고, 심지어 과학도 신학의 액세서리였다. 서양 역사를 배운 사람들은 모두 종교가 유럽을 통치한 적이 있다는 것을 알고 있다. 당시 유럽 대부분의 사람들이 신학을 믿었다고 할 수 있는데, 뉴턴은 그 중 하나일 뿐이다.
신도의 눈에는 먼저 신학이 있고, 그 뒤에는 과학이 있다. 종교는 과학을 학과로 확립하고, 과학의 존재는 신학의 참뜻을 추구하기 위해서이다. 그래서 뉴턴을 제외하고 당시 과학을 배운 많은 사람들은 일반적으로 그들이 신학을 위해 과학을 배우는 것이지, 둘을 갈라놓는 것이 아니라고 생각했다.
뉴턴의 과학적 명성은 그에게 개인적으로는 단지 우연일 뿐이다. 그는 단지 신학에 대한 믿음 때문에 공교롭게도 과학계의 신이 되었다. -응? 과학을 믿고 신학에 반대하는가? 이것은 단지 우리의 생각일 뿐이다. 우리 눈의 뉴턴은 영원히 과학에 빠져야 하지만, 이것은 뉴턴의 추구가 아니다. 과학적 업적을 경험한 후에도 뉴턴은 여전히 신학에 대해 꾸준한 연구를 진행했다. 연구 방법은 과학일 수도 있고 미신일 수도 있어 뉴턴에게는 별 차이가 없다.
그래서 뉴턴은 신학의 품에 안겨 있었지만, 만년에는 과학적 방식으로 신학을 탐구하는 것을 중단했다.