오늘날 우리 중 많은 사람들과는 달리, 당시 아테네 사람들은 소크라테스의 판결이 전혀 문제가 되지 않았을 것입니다. 그 사건은 전적으로 아테네 도시 국가의 법에 따라 심리되었기 때문입니다. 소크라테스를 기소한 세 사람은 모두 아테네 시민이었고, 그들은 법에 따라 기소했다. 소크라테스에 대한 주된 고발은 성국이 믿는 신을 존중하지 않고 새로운 신을 도입하는 것이다.
법원 설립 절차는 복잡하고 민주적이다. 현대와는 달리 당시 아테네 법정에는 법관이 없었고 재판장과 법정질서 유지, 판결권은 배심원단의 손에 달려 있었다. 배심원들은 모두 공민 중에서 추첨하여 선출한 것이다. 매년 초, 시민들은 자발적으로 심사위원단에 지원했고, 지원자 중에서 6000 명을 선정해 그해 심사위원이 되었다. 개정 당일 도시 관리들은 사건 크기에 따라 각 법정의 배심원 규모 (5 ~ 2000 명 등) 를 미리 확정한 다음 등록부에 등록된 6000 명 중 추첨하여 법정에 출두한 배심원을 선출해야 한다. 개정하기 전에 제비를 뽑아 이 배심원들이 어느 법원에 배심원으로 갈지 결정한다. 위의 조작 과정은 놀라울 정도로 복잡하다. 아테네 사람들은 주로 뇌물을 막기 위해 이 절차를 설계했다. 당신이 피고라고 가정하면, 어떤 배심원이 당신의 사건에 참여할 것인지 미리 알 수 없고, 6,000 명의 배심원에게 뇌물을 줄 수도 없습니다. 소크라테스를 재판하는 배심원단은 500 명으로 구성되어 있으며, 그들은 모두 무작위로 선발되었다.
법원이 재판 절차에 들어가자 원고와 피고가 각각 상소하여 증명하였다. 그리고 배심원단의 첫 투표는 피고가 유죄인지 아닌지를 결정한다. 다수표가 무죄라면 피고는 무죄라는 이름을 받게 된다. 그러나 사건은 아직 끝나지 않았으니 원고가 얼마나 많은 표를 받아야 하는지에 달려 있다. 만약 원고가 얻은 표수가 총 표수의 5 분의 1 미만이라면, 그는 처벌을 받게 될 것이다. 이 조치는 악의적인 무고를 막기 위해서이다. 이번 투표에서 피고가 유죄 판결을 받으면 원고와 피고 자신이 구체적으로 어떤 형벌을 받아야 하는지 제시한 뒤 배심원단은 그들의 의견에 대해 2 차 투표를 하고 그 중 하나를 최종 판결로 선택할 것이다. 이런 재판 방식은 터무니없어 보이지만 합리적이다. 원고와 피고는 자신의 처벌 의견을 배심원단의 승인을 받기 위해 분수에 주의를 기울이고 마음대로 하지 않기 때문이다. 소크라테스의 사건은 1 차 법정 투표에서 280 표에서 220 표로 유죄 판결을 받았다. 나중에 피고로서, 그는 자신의 처벌에 대해 무심코 보였다. 먼저 자신이 무죄라고 말했지만, 성방에 공을 세운 적이 있으니, 성방의 예우를 받아야 한다. 나중에 벌금 100 드라크마 (고대 그리스 은화) 를 제출했다. 이 형벌은 거의 우스갯소리, 불합리한 것이었기 때문에, 그를 동정했던 일부 배심원들이 원고의 형벌로 전향했고, 결국 소크라테스는 360 표 대 140 으로 사형을 선고받았다. 법원은 그가 "아테네에서 인정한 신을 존중하지 않고 새로운 신을 도입하다", "반민주적 언론을 선동하다", "젊은이를 현혹시키다", "아테네에 큰 재난을 가져왔다" 는 등의 죄명을 저질렀다고 인정했다.
법정에서 소크라테스는 자신을 위해 변호 발언을 했다. 그는 "클라우디아 사람들은 하루 종일 사람을 해치느라 바쁘다. 비록 그들은 큰 권력을 가지고 있지만, 그들은 나에게 악을 행하도록 강요할 수 없다. 나는 사람들에게 영혼의 완벽함에 주의를 기울이고 미덕은 돈으로 살 수 없다는 것을 깨닫게 한다. 이것이 젊은이를 미혹시키는 이론이라면, 나는 나쁜 사람이다. 너희는 나를 석방하거나 처형할 수 있다. 내가 한 번 더 죽어도 나는 내 행동을 바꾸지 않을 것이다. " 아테네 법원은 소크라테스의 변호를 인정하지 않고 결국 그의 사형 판결을 유지했다. 소크라테스는 학생들이 마련한 탈출 계획을 거절하고 사형을 받아들이기로 했다. 그는 판결이 사실과 반대이지만 이는 합법적인 법원 판결이므로 반드시 복종해야 한다고 생각한다.