2. 생물학적 과정의 실시간 모니터링: 실시간 형광 PCR 기기는 세포 증식 및 단백질 표현과 같은 생물학적 과정을 실시간으로 모니터링하는 데 사용할 수 없습니다. 이런 과정은 관련된 분자의 수가 방대하고 상호 작용이 매우 복잡하여 단일 형광 신호로 정확하게 반영하기가 어렵다.
3. 환경과정 실시간 모니터링: 실시간 형광 PCR 측정기는 환경과정, 토양미생물활동, 수역부영양화 등을 모니터링하는 데 사용할 수 없습니다. 이런 과정은 관련된 분자의 종류가 매우 많고 상호 작용이 매우 복잡하여 단일 형광 신호로 정확하게 반영하기가 어렵다.